La pesca artesanal se enfrenta a muchas amenazas: las prácticas pesqueras industriales y destructivas, el cambio climático, la contaminación del agua causada por la minería, la proliferación de especies invasoras, el desarrollo de infraestructuras a gran escala, la violencia y la persecución, el acaparamiento del agua, la privatización y la exclusión de los recursos naturales de los que depende. Las aguas dulces y los lagos (como el de Atitlán, en Guatemala) se ven afectados en diversos grados por una contaminación que afecta a la reproducción y provoca mutaciones genéticas. Las mujeres pescadoras, los jóvenes y los pueblos indígenas siguen marginados y luchan por participar de forma significativa en las políticas de gestión sostenible de los ecosistemas acuáticos y por adaptar sus medios de vida y preservar sus culturas y técnicas tradicionales, con todas las repercusiones socioeconómicas asociadas a estas grandes perturbaciones. (en colaboración con el Grupo de Trabajo sobre Biodiversidad Agrícola del CIP)

En las últimas décadas, la acuicultura se ha convertido en la principal fuente de alimentos acuáticos. Sin embargo, con el desarrollo del sector industrial pesquero, la acuicultura se ha convertido en un sistema de cría intensiva. Si se lleva a cabo a gran escala y con una perspectiva intensiva en capital, el resultado podría ser la exclusión del mercado de la pesca artesanal. Además, los nutrientes necesarios para la acuicultura intensiva son el resultado de la pesca intensiva o de la agricultura intensiva de OMG, como en el caso de la soja, la colza y el girasol.